令和７年11月19日に所得税法施行令の一部を改正する政令が公布され、通勤のため自動車・自転車などの交通用具を使用している給与所得者に支給する通勤手当の非課税限度額が引き上げられました。
この改正は、令和７年11月20日に施行され、令和７年４月１日以後に支払われるべき通勤手当（同日前に支払われるべき通勤手当の差額として追加支給するものを除きます。）について適用されます。 このため、令和７年分の年末調整で対応が必要となることがあります。
■ 改正後の非課税限度額
改正後の１か月当たりの非課税限度額は、次のとおりです。
■ 経理・給与計算への影響ポイント
１．年末調整での精算対応
改正前に既に支払われた通勤手当については、改正前の非課税限度額を適用したところで所得税及び復興特別所得税の源泉徴収が行われていますが、改正後の非課税限度額を適用した場合に過納となる税額がある場合には、令和7年の年末調整の際に精算することになります。
改正前の非課税限度額を超える通勤手当を支給している従業員がいる場合は対応が必要になります。本年の年末調整の際に、改正後の非課税限度額を適用した場合に過納付となる税額を精算することになります。
源泉徴収簿において、改正後の非課税限度額によって新たに非課税となった部分の金額を給与総額から一括して差し引き、その差引後の給与の総額を基にして年末調整を行います。給与所得の源泉徴収票の「支払金額」欄には、非課税とされる部分の通勤手当の金額を除いた金額を記入します。
具体的な源泉徴収簿の記入方法は以下リンク先の「年末調整で精算する際の源泉徴収簿の記載例」をご参照ください。なお、給与計算ソフトがこのような記載に対応していない場合には、「正しく年調年税額が算出されているのであれば、新たに非課税となった金額やその計算根拠の記載を省略しても差し支えありません。」とされています。
２．今後の給与計算への反映
給与計算ソフトを利用している場合には非課税限度額の新しい金額を設定する必要があります。
また、今回の改正に対応した給与規定の改訂の必要性についての検討と、通勤手当の支給額を引き上げる場合には改訂後の給与計算において通勤手当支給額の変更が必要になります。
３．改正前の通勤手当について追加支給の判断
今回の改正を踏まえ、令和７年４月１日に遡って通勤手当を増額する給与規程の改訂を行い、令和７年４月10日に支給した通勤手当との差額を給与規程の改訂で定められた支給日（Q&A6では仮に令和7年12月25日）に支給した場合、この差額支給分の通勤手当についても、改正後の非課税限度額が適用されます。したがって、この場合には追加支給分も限度額内なら非課税になります。
４．中途退職者など、年末調整で精算できない人への対応
年の中途で退職した人について、改正前の非課税限度額を超えた通勤手当を支払っていた場合には、「支払金額」欄を訂正するとともに、「摘要」欄に「再交付」と表示した給与所得の源泉徴収票を作成し、再度交付する必要があります。
■ 通勤手当の非課税限度額の引上げに関するＱ＆Ａ
国税庁ホームページの「通勤手当の非課税限度額の引上げに関するＱ＆Ａ」では以下の質問が取りまとめられています（2025年11月19日時点）。必要に応じて参考にしてください。
Ｑ１ 通勤手当の非課税限度額の引上げについて、どのような改正が行われたのですか
Ｑ２ 改正後の非課税限度額は、いつから適用されるのですか。
Ｑ３ 「令和７年４月１日以後に支払われるべき通勤手当」とは、どのような通勤手当のことをいうのですか。
Ｑ４ 令和７年４月10日に令和７年３月分の通勤手当を支給（給与規程に従って支給）していた場合、この通勤手当については、改正後の非課税限度額が適用されますか。
Ｑ５ 令和７年３月10日に令和７年４月分の通勤手当を支給（給与規程に従って支給）していた場合、この通勤手当については、改正後の非課税限度額が適用されますか。
Ｑ６ 令和７年４月10日に令和７年３月分の通勤手当を支給（給与規程に従って支給）していました。今回の改正を踏まえ、令和７年４月１日に遡って通勤手当を増額する給与規程の改訂を行い、令和７年４月10日に支給した通勤手当との差額を令和７年12月25日（給与規程の改訂で定められた支給日）に支給した場合、この差額支給分の通勤手当については、改正後の非課税限度額が適用されますか。
Ｑ７ 令和７年３月10日に令和７年４月分の通勤手当を支給（給与規程に従って支給）していました。今回の改正を踏まえ、令和７年１月１日に遡って通勤手当を増額する給与規程の改訂を行い、令和７年３月10日に支給した通勤手当との差額を令和７年12月25日（給与規程の改訂で定められた支給日）に支給した場合、この差額支給分の通勤手当については、改正後の非課税限度額が適用されますか。
Ｑ８ 未払いであった令和７年２月分の通勤手当（本来の支給日：３月10 日）を令和７年４月 10日に支給した場合、改正後の非課税限度額が適用されますか。
Ｑ９ 未払いであった令和７年８月分の通勤手当（本来の支給日：９月25日）を令和７年12月25日に支給した場合、改正後の非課税限度額を適用して源泉徴収すればよいのですか。
Ｑ10 改正後の非課税限度額は、令和７年４月１日以後に支払われるべき通勤手当について適用されるとのことですが、所得税法施行令の一部を改正する政令の施行日前（令和７年11月19日まで）に既に改正前の非課税限度額を適用して支給している「令和７年４月１日以後に支払われるべき通勤手当」については、どうすればよいですか。
Ｑ11 年末調整の際には新たに非課税となった金額とその計算根拠を源泉徴収簿の余白に記載すると聞きましたが、当社の使用している給与計算ソフトではそのような記載ができません。どうすればよいですか。
Ｑ12 改正前の非課税限度額の範囲内で通勤手当を支給していましたが、今回の改正を踏まえ、令和７年４月１日に遡って改正後の非課税限度額との差額を通勤手当の追加支給として支払った場合、年末調整の際の精算は必要ですか。
Ｑ13 年の中途（令和７年６月30日）に従業員が死亡したため、その死亡日までの給与等について年末調整を行っていましたが、この場合はどのように取り扱うのですか。
Ｑ14 年の中途（令和７年６月30日）に従業員が海外勤務となり非居住者となりました。このため、その出国の時までに年末調整を行っていましたが、この場合はどのように取り扱うのですか。
Ｑ15 給与所得の源泉徴収票はどのように記載すればよいですか。
Ｑ16 年の中途に退職した従業員に対し、既に給与所得の源泉徴収票を交付していますが、通勤手当の非課税限度額が引き上げられたことにより、何か対応しなければならないことはありますか。